يتكون التحالف من وحدات أساسية ، ومدن ومناطق وأقاليم التحالف، وتعتبر الوحدات الأساسية هي أصغر مكونات التحالف على مستوى القرية، فريق الرحل، الحي، موقع العمل، الجامعة، المعهد، المدرسة أو ما يماثلها، وتتدرج وحدات التحالف لتكّون مدن التحالف وتكّون المدن مناطق التحالف وتكون المناطق أقاليم التحالف.
لكل مستوي من هذه المستويات جهازه التشريعي الأعلى "المؤتمر العام"، وجهازه التشريعي الوسيط "المجلس المركزي"، وجهازه السياسي "المكتب التنفيذي"، ومنظماته الفئوية "التحالف النسوي السوداني"، "التحالف الشبابي والطلابي السوداني"، "لتحالف النقابي السوداني"، ومنظماته الإنسانية والحقوقية، ومؤسساته المالية.
يعقد المؤتمر العام للإقليم دوراته كل ثلاثة سنوات ويعقد دورات طارئة بناء على طلب من أغلبية أصوات أعضاء مكتب الإقليم أو ثلث مكاتب المناطق في الإقليم. يعقد المؤتمر العام للإقليم في شهر يونيو في المكان والزمان اللذين يحددهما المكتب التنفيذي للإقليم.
ويعقد المؤتمر العام للمنطقة دورته مرة كل عامين ويجوز أن يعقد دورات طارئة بناء على طلب من أغلبية أصوات أعضاء مكتب المنطقة أو بناء على طلب من ثلث الوحدات المدن المكونة للمنطقة. يعقد المؤتمر العام للمنطقة في شهر أبريل في المكان والزمان اللذين يحددهما المكتب التنفيذي للمنطقة.
ويعقد المؤتمر العام للمدينة مرة كل عام ويجوز عقد دورات طارئة بناء على طلب من أغلبية أصوات أعضاء مكتب المدينة أو بناء على طلب من ثلث الوحدات المكّونة للمدينة. يكون الاجتماع الدوري الذي يعقد في شهر فبراير في المكان والزمان الذي يحددهما المكتب التنفيذي للمدينة.
وتعقد الوحدة الأساسية جمعية عمومية مرة كل سنة ويجوز أن تعقد دورات طارئة بناء على طلب من أغلبية أصوات أعضاء مكتب الوحدة أو بناء على طلب من ثلث أعضاء الوحدة. يكون الاجتماع الدوري الذي يعقد في أول شهر من السنة الميلادية هو الجمعية العمومية السنوية.
